Harlingen dankt haar levendigheid voor een groot deel aan de vaarbewegingen die in en rond de stad plaatsvinden. De veerboten vertrekken meerdere malen per dag richting de Waddeneilanden en ook de bruine vloot met charterschepen vaart met regelmaat uit. Met aan boord vele gasten die kunnen genieten van de wisselende beelden die de Waddenzee biedt. Ook de watersporters weten Harlingen steeds beter te vinden. De laatste jaren is veel geïnvesteerd in voorzieningen voor jachten en motorboten, die in groten getale Harlingen aandoen. 
Behalve zeil- en vaartochten over de Waddenzee heeft Harlingen meer te bieden. Via de Tjerk Hiddessluizen kan ook het Friese land doorkruist worden. En wat te denken van de vaarroute  Bolsward-Harlingen. Een mooie manier om Noordwest-Friesland te ontdekken via de kronkelende binnenwateren. Heeft u even genoeg van het water, dan valt ook op de fiets veel te ontdekken.
Maar voor wie geen boot heeft, kan er ook watersport bedreven worden. Onder meer door rondvaarten naar de zeehondenbank of door de grachten en havens van Harlingen met de rondvaartboot Singel Prinses (informatie verkrijgbaar bij de VVV). Dagtochten naar Vlieland en Terschelling behoren ook tot de mogelijkheden. Zowel op eigen gelegenheid als georganiseerd door lokale rederijen. Op een andere manier van het water genieten kan met de sportvisserij. Er worden dagelijks dagtochten naar zee voor de visliefhebbers georganiseerd.